Mộ Dung Vân lên làm vua Yên, lại lấy họ cũ là Cao Vân, đặt niên hiệu là Chính Thủy. Ông dùng tướng Phùng Bạt làm Đô đốc phụ trách việc quân, Lục thượng thư sự.

Năm 408, Cao Vân lập con trai là Cao Bành Thành (高彭城) làm thái tử. Cùng thời gian này, Quảng Khai Thổ Thái Vương nước Cao Câu Ly sai sứ sang giao hảo và đề nghị nhận lại người trong họ tộc cũ. Cao Vân đáp lại đề nghị của vua Cao Câu Ly. Ông lập Mộ Dung Quy (慕容歸) làm Liêu Đông công để giữ hương hỏa họ Mộ Dung.

Do những biến loạn nhiều đời của Hậu Yên trước đây, Cao Vân cũng lo sợ bị cướp ngôi, vì vậy đã nuôi nhiều dũng sĩ làm tâm phúc để tự vệ, cho Cầm Ban và Đào Nhân chỉ huy. Ông cũng được đánh giá là vị vua tàn bạo, hễ có ai làm ông không vừa ý là bị ông sát hại[5].